作为除菌对象，除菌过滤器本身在保护设备和介质免受细菌等影响时需要定期消毒。根据不同的使用条件和时期，灭菌通常每周或每月进行一次或两次，每次约30分钟。
众所周知，杀菌过滤器的主要工作结构是微滤滤芯。当防止空气中含有有害物质时，空气应该从外向内流经滤芯。此外，除多芯过滤器外，灭菌过滤器为落地式，通常采用交叉悬挂式，有水平进出口。
为了科学使用灭菌过滤器，延长其使用寿命，在使用灭菌过滤器时，进入其中的压缩空气需要经过三级精密过滤器和干燥器，去除的油、水、灰尘和油雾的浓度应≤0.01PPM，以保证良好的灭菌效果。
为了在灭菌过程中达到优异的灭菌效果，有必要在灭菌操作之前测试一次过滤器的完整性，以确保过滤器的完美效果。
